吐蕃法王时期的藏王松赞干布时代就有军旗。西藏史书《贤者喜宴》记载：乌如上下部军旗为花边红旗、红顶旌；耶如上下部军旗为红狮旗，黑心白底顶旌；如拉上下部军旗为腾狮旗，黑顶旌；夭如上下部军旗为鹏鸟黑旗，黄绿色顶旌。藏王赤松德赞时期向唐朝发兵时，后藏地区的上如拉八东岱（一个东岱为一千户）军旗为白狮腾空旗，下如拉八东岱军旗为飞雕白绸旗，上耶如东岱军旗为墨色黑旗，下耶如东岱军旗为花头雄狮旗，上夭如东岱军旗为双狮旗，下夭如东岱军旗为五彩丝绸旗。[7][1]
9世纪中叶，吐蕃王朝分裂后，在很长一段时期里，西藏没有正规军，也就没有正规的军旗。直到18世纪末叶清乾隆年间，福康安在击退廓尔喀对西藏的入侵后，规定：“以前前后藏都没有正规军队，用时临时征调，呈请大皇帝批准，成立三千名正规军队：前后藏各驻一千名，江孜驻五百名，定日驻五百名。”这支定额为三千的军队，就是清朝的“藏军”。为了军队的训练和作战指挥，而制作了藏军的军旗“雪山狮子旗”。据日本人青木文教回忆，清末藏军中出现了以雪山、狮子、日月为图案的红色三角形军旗，军旗的设计参考了中国传统的狮子滚绣球造型和太极图案，但图案和规制并不固定。
1947年的亚洲关系会议期间，两位西藏代表（右前）之前可以看到圆形版本的雪山狮子旗。最左发言者为圣雄甘地。
1913年，日本派往西藏的青木文教与藏人擦绒·达桑占堆一起设计了军旗，旗底部为富士山形状的雪山，雪山上是狮子，上部是类似日本军旗的旭日形象。1914年藏军开始改革，此旗被正式用作西藏新军的军旗。[8]1934年伦敦费德里克·沃恩公司出版的《国旗》一书在中国（China）之后介绍西藏（Thibet），将雪山狮子旗称为西藏的国旗，黑白插图标出各部分的颜色，国旗长宽比是14：11。[9]
1947年3月，在英属印度召开的亚洲关系会议上，英国人故意将雪山狮子旗作为西藏旗帜与其他主权国家旗帜并列摆放，遭到中华民国代表团团长郑彦棻的抗议，于次日将雪山狮子旗撤下。[10]
1951年，中华人民共和国中央人民政府和噶厦政府签订《十七条协议》，中国人民解放军正式进驻西藏，将西藏纳入中华人民共和国，达赖喇嘛和班禅喇嘛也于1954年起担任中央人民政府相关高级官员。
与此同时，以达赖喇嘛的二哥嘉乐顿珠、孜本夏格巴以及堪穷洛桑坚赞为首的反共人士以印度为根据地开始发展。1954年江孜发生水灾，中国政府进行了救灾，并且拒绝了国际援助。夏格巴等人成立了西藏福利协会，并建议美国应该提出国际援助，但是遭到了美国的拒绝。当时达赖喇嘛正在前往北京参加两会，在藏人中间弥漫着一种中共可能对其进行加害的担忧。因此，在1954年10月4日，噶伦堡出现了一场大游行。 在这场游行中， 西藏福利协会举办了一个仪式， 祈祷达赖喇嘛从北京安全返回。 超过四千名西藏人参加了这个游行。据嘉乐顿珠的秘书拉姆次仁回忆，这是第一次公开打出雪山狮子旗。
1959年，拉萨发生骚乱，达赖喇嘛在深夜离开布达拉宫，流亡印度。驻扎在西藏地区的中国人民解放军逐渐控制西藏全境，但达赖喇嘛在中国政府中的职务维持不变，直到1964年。达赖喇嘛离开西藏后，于印度达兰萨拉成立藏人行政中央，并在诸多国际场合中出现。1963年西藏流亡政府发布《西藏流亡宪法》，又经1991年修订，均未提及“国旗”一事。